Viêm loét miệng do nhiều nguyên nhân gây ra, có thể do chấn thương trong vùng miệng như tự cắn vào niêm mạc, do thức ăn cứng, vệ sinh răng miệng không đúng cách hoặc cũng có thể do nhiệt miệng, thiếu dinh dưỡng, stress và cũng có thể gặp trong một số bệnh liên quan đến rối loạn hệ thống miễn dịch…
Viêm loét miệng hoàn toàn có thể phân biệt được với hội chứng tay chân miệng dựa vào dấu hiệu của bệnh. Trong bệnh tay chân miệng, ở miệng cũng có những vết loét dạng tổn thương dạng phỏng nước (đường kính 2-3mm). Ngoài ra, trẻ còn có những nốt phát ban hay tổn thương dạng phỏng nước ở lòng bàn tay, lòng bàn chân, mông, gối. Biện pháp điều trị cho hai bệnh này cũng hoàn toàn khác nhau.